肿瘤标志物升高不一定是有肿瘤，单纯的肿瘤标志物检测升高不一定就是肿瘤，临床上，许多良性疾病都可以有肿瘤标志物的异常，如前列腺肥大、前列腺炎可以有PSA的轻、中度升高;子宫内膜异位症可以有CA125的轻、中度升高;急、慢性肝病时可以有CA125、CA199、CA50、铁蛋白的不同程度的升高等。此外，一些怀孕的女性也会出现肿瘤标志物轻微升高的情况，甚至有些育龄妇女是在体检中因肿瘤标志物增高才发现是怀孕所致。