医院共有编制床位1448张(开放床位1700余张),设有43个临床科室、17个医技科室和25个职能处室;拥有血液内科、心血管内科、骨科、妇产科、眼科、泌尿外科、儿科、皮肤科、风湿免疫科、肾内科、病理科11个国家级重点学科;拥有骨科学(骨肿瘤、骨创伤、骨关节、脊柱外科)、妇科学(妇科、计划生育与生殖中心)、重症医学科、检验医学科、临床护理、心血管内科、内分泌科、血液科、胸外科、普通外科(胃肠外科、肝胆外科、腔镜外科、乳腺科、血管外科)、泌尿外科、眼科、皮肤科、急诊科、呼吸科15个国家临床重点专科建设项目;拥有血液病研究所、肝病研究所、关节病研究所、应用碎石技术研究所4个北京大学级研究所;拥有教育部“视觉损伤与修复重点实验室(北京大学)”和 “丙型肝炎和肝病免疫治疗”、“造血干细胞移植治疗血液病”2个北京市重点实验室。现有中华医学会各学科分会前任、现任和候任主任委员12名。医院已经跨入国内医院队列的第一方阵。