民航医学中心（民航总医院）始建于1982年，于2010年重新整合为民航医学中心，包括民航总医院、民用航空医学研究所、民用航空人员体检鉴定所和航空医学系培训部，是一所设备先进、科室齐全、服务优良、集医教研防于一体、具有航空医学特色的三级综合医院，也是全国民航唯一一所三级医院，同时承担着全国民航系统空勤人员体检鉴定、航空医学研究及民航体检鉴定医师培训工作。

内科设有8个专业：心血管内科、呼吸内科、消化内科、神经内科、肾内科、内分泌科、血液肿瘤科、老年病科；外科7个专业：普外科、肝胆外科、骨科、泌尿外科、神经外科、心胸外科、整形外科；妇产科8个专业：妇科、产科、计划生育、生殖健康与不孕症、优生学、妇女保健、围产期保健、更年期保健；儿科9个专业：小儿消化、小儿呼吸、小儿心脏病、小儿肾病、小儿血液病、小儿内分泌、小儿传染病、小儿遗传病；眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、感染疾病科、急诊科、麻醉科、疼痛科、康复理疗科等科室也均设有相应的亚专业；医技科室8个，包括放射科、核医学科、检验科、药剂科、物理诊断科、病理科、高低压氧科等科室。

设有1.5T核磁、64排CT、数字化减影血管造影机、SPECT、高低温高低压一体氧舱、层流手术室等大型医疗设备设施。多个科研项目获批民航局级科研课题立项，并获得首发基金和国家自然科学基金、北京市自然科学基金的资助。医院为首都文明单位，全国百姓放心示范医院，中央国家机关平安单位，首都平安示范医院。